Oddělení geoinformatiky primárně zajišťuje zpracování, analýzu a publikaci prostorových dat a služeb. Současně provádí implementaci směrnice INSPIRE a zajišťuje technické, legislativní a strategické záležitosti v oblasti národní infrastruktury prostorových dat a informací. Spravuje Národní geoportál INSPIRE, kde jsou kromě dat a služeb spadajících pod směrnici INSPIRE k nalezení i další zdroje, které jsou používány k výkonu veřejné správy na území České republiky, popř. jsou jinak zajímavé pro veřejnost.
Do geoportálu je začleněn Metainformační systém resortu životního prostředí (MIS), který nabízí komplexní informace o datech a službách vytvářených a provozovaných organizacemi resortu životního prostředí. Národní geoportál INSPIRE tak představuje hlavní rozhraní pro přístup k tematickým datům několika desítek subjektů od centrálních orgánů veřejné správy, krajských úřadů, obcí, výzkumných institucí, až po soukromé firmy a zobrazovanými daty pokrývá širokou škálu oborů činnosti.
Oddělení geoinformatiky rovněž spolupracuje na tvorbě odborných i popularizačních publikačních výstupů zejména v oblasti krajinného pokryvu a využití krajiny.
Výkon agendy Národního sekretriátu GEO/Copernicus přechází od 1.1.2024 na Český hydrometeorologický ústav.
